「新設法人」の設立3期目の納税義務の判定

《質問》

 当社は、資本金1,000万円、1年決算法人として設立しましたので、消費税の納税義務は消費税法12条の2《新設法人の納税義務の免除の特例》の規定により、「基準期間」のない1期目及び2期目についても消費税の納税義務は免除されておりません。
 ところで、設立にあたっては、【消費税の新設法人に該当する旨の届出書】を早々に所轄税務署長に届け出るよう顧問税理士から言われておりましたが、日頃から税務情報の収集に余念のない当社の真面目な経理担当者から「たしか国税庁のHPに法人税法の規定により提出する『法人設立届出書』に消費税の新設法人に該当する旨及び所定の記載事項を記載して提出した場合には、消費税の『届出書』は不要となってましたけど‥」という説明を受けていたこともあって、消費税の届出書は提出せずに、課税事業者として1期目、2期目とも期限までに消費税の申告をいたしました。
 この度(3期目に)、念願の自社工場を立ち上げましたので、消費税の還付申告書を提出しましたが所轄署から「御社の1期目の課税売上高は年1,000万円以下であるため、課税事業者に該当しない」旨の連絡を受けました(⇒還付申告は受け付けられないとのこと!)。
 当社としては1期目から課税事業者としてキッチリと申告を続けてきたにも関わらず何故このような取扱いを受けなければならないのか納得がいきません。ご教示願います。

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