「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」の提出を失念した場合の対処方法について

《質問》

 顧問先A社(11月決算)は、かねてより簡易課税により消費税の申告をしておりましたが、当決算期末である平成28年11月中に本社建物が完成し、消費税の還付が見込めるにもかかわらず、9月下旬の「定期訪問で、社長さんから消費税は、どのくらい還付されるのかとのお尋ねを受けるまで、『消費税簡易課税制度選択不適用届出書』の提出を失念しておりました。」と言いながら、A社担当のU君が血相を変え、飛んで帰ってきました。既に10月に入り、A社決算を目前に控えて、所員一同、途方にくれているところですが、何か打つ手はありますでしょうか。
 なお、上記建物に係る請負金額は3億円、当該請負契約の締結日は平成27年9月20日です。

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