遺産分割協議後に財産を認識した場合の相続税の課税関係について

【前提】

･相続発生日27年5月9日（申告期限28年3月9日）
･被相続人:毋　　相続人:息子と娘の2人。
･遺産総額128百万円。（小規模宅地考慮前は2百万多い130百万円。また、下記Ａ社の株式含む。）
･遺産分割27年6月17日成立。（被相続人の成年後見人作成の財産目録で作成）
『遺産分割協議書内に記載されていない相続財産はすべて息子が取得する』文言が記載されております。

【経緯】

･遺産分割協議後に相続税の申告前の財産確認で妹側は非上場会社Ａ社の株式があることを初めて認識しました（評価額として35百万、株数は13株）。
当該遺産分割協議書内にはＡ社の株式は含まれていません。
･妹側から弁護士を通じて、株式の法定相続分の金銭の要求があり。
ただし、再度の遺産分割は望んでおらず、単純な金銭要求。
･息子側の弁護士の考えでは当初分割時にはＡ社株式が共通の認識ではないため分割はされていないとの考えもあり。
･今後の交渉次第ですが。①Ａ社株式のみの分割協議を行うか②全資産を再度分割協議するか③改めて分割協議はしないで単純にＡ社評価額の半額を息子から娘へ支払うかとなります。

《質問》

○小規模宅地の特例の適用の可否について
　上記の経緯の①～③の今後の交渉次第で対応が変わってくるかと存じますが申告期限までに協議が終わらない場合でのご質問となります。
①の株式のみ協議した場合には、当初分割は有効となり、小規模の適用有りで3/9までに申告してもよいでしょうか？また、③の場合には改めて分割協議はしないため、分割は確定し小規模の適用は有りで申告してもよいでしょうか？
（②の場合には未分割のため、適用無しで申告と考えております。）
　ちなみに③の場合には、分割協議後の現金の支払いのため、贈与という認識で問題ないでしょうか。株式の代償金という認識はされないでしょうか？

○未分割の場合の申告について
　仮に上記のご質問で①株式のみの分割協議の場合に小規模宅地が適用されて、当初申告で株式を半分ずつ（6.5株ずつ）で申告してその後の協議で各人の税額が変更となった場合には、改めて更正の請求等で申告すべきでしょうか？
　株式のみの配分ですと全体の税額は変わらないため、改めて税務署側へ申告書等は提出せずに相続人間での現金授受で調整しようと考えております。
　このような場合、税務署側へ提出しない場合、相続税の調整金額は贈与とみなされるリスクはありますでしょうか。